Falls es noch jemandem so geht wie mir, hier die Lösung!
Beim Upload meiner Fotos mit der OneDrive App auf meinem iPhone wurden nur die aktuellsten Fotos und ganz vereinzelt auch alte Fotos hochgeladen. Nach langem hin und her mit Deinstallation und Neuinstallation der OneDrive App habe ich mit dem Support von Microsoft geschrieben und siehe da die Lösung ist ganz einfach!
Man muss die Optimierung der Foto-Daten auf dem iOS-Gerät abschalten (Einstellungen → Fotos → „iPhone-Speicher optimieren“ auf „Laden und Originale behalten“ umstellen!) und schon flutscht der Upload zu OneDrive!